Introducción:

Una estrategia de evasión de la respuesta inmune antineoplásica de células tumorales consiste en mutaciones somáticas de los genes del HLA, siendo determinantes en la eficacia de los inhibidores de punto de control inmunitario (ICI) y otros abordajes inmunoterápeuticos.

Metodología:

Tras consentimiento informado, se purificó gADN de tejido tumoral, sangre y tejido no neoplásico adyacente de 29 pacientes pediátricos con diagnóstico de tumor sólido. El HLA clase I fue amplificado y secuenciado en un MiSeq (Illumina) y los FASTQs analizados con TSV. Se diseñaron 14 ARNs-guía flanqueando los genes del HLA clase I que fueron empleados en la secuenciación de tercera generación dirigida por CRISPR/Cas9 en el secuenciador MinION Mk1C (Oxford Nanopore) en los individuos en los que hubo diferencias entre tejidos neoplásicos y no neoplásicos. Adicionalmente, se les realizó mapeo óptico.

Resultado(s):

En un adenocarcinoma de colon la secuenciación Illumina no detectó lecturas tumorales de HLA-B con parámetros predeterminados de TSV. La secuenciación de tercera generación/CRISPR/Cas9 mostró una reducción relativa en lecturas tumorales de HLA-B, observando una mayor uniformidad en profundidad y cobertura. El mapeo óptico mostró una deleción que abarca el gen HLA-B. En un neuroblastoma, TSV asignó un genotipo de HLA-C distinto al tumor respecto a la sangre, debido a mutaciones somáticas puntuales. La secuenciación de tercera generación enriquecida con CRISPR/Cas9 corroboró esos datos mostrando también contribución de la línea neoplásica en sangre.

Conclusion(es):

La innovación de secuenciación dirigida por CRISPR-Cas9 con nanoporos presentó ventajas técnicas comparadas con Illumina contribuyendo en datos para el uso racional de ICI en cáncer.