Introducción:

El gen STAT4 es clave en la patogénesis de diversas enfermades autoinmunes y participa en una vía de señalización importante llamada JAK/STAT. En el gen STAT4 se han reportado múltiples variantes codificantes que pueden afectar la estructura y función de la proteína. Para estudiarlas existen herramientas in-silico que permiten predecir posibles alteraciones funcionales

Metodología:

1) Obtención de datos y filtrado de variantes: se descargaron 48,296 variantes de Ensembl y gnomAD, se filtraron con los criterios SNP, Missense, uncertain significance y dbSNP source; 2) Predicciones funcionales: análisis basado en homología de secuencias y estructura mediante “SIFT” y “PolyPhen”; 4) Estabilidad proteica: análisis de la sustitución de aminoácidos e impacto en la estabilidad proteica a través de “Align GVGD” y “MutPred2”; 5) Modelado estructural: se realizó modelado de la proteína, generación de cambios y verificación de la calidad estructural con “Chimera”, “SwissProt”, “ModRefiner”, “ERRAT” y “PROCHECK”; 6) Evaluación del impacto estructural con las herramientas “Missense3D” y “HOPE”.

Resultado(s):

De 48,296 variantes descargadas se filtraron 35 con un impacto en la estabilidad proteica, se identificaron 10 variantes que cambian el tamaño y la hidrofobicidad de los aminoácidos, afectando las propiedades fisicoquímicas y modificando la estructura normal de la proteína

Conclusion(es):

Se identificaron 10 variantes que podrían afectar estructuralmente a la proteína y comprometer su funcionalidad; el impacto funcional dependerá del dominio que contenga el aminoácido mutado. Es importante destacar que la baja frecuencia poblacional (<0.01) de estas variantes en la población general podría limitar la validez de un estudio experimental.